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Fabio Cecconi |
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Università di Roma La Sapienza |
Abstract
ILo studio della dinamica delle proteine e dei loro meccanismi di ripiegamento richiede l'uso di sofisticate tecniche di simulazione con risoluzione atomica. Tuttavia i regimi di folding/unfolding di proteine reali risultano ancora inaccessibili a tali metodi; e' quindi necessario ricorrere a modelli semplificati che, riducendo il costo computazionale, permettono di ricostruire in forma approssimata l'intero processo di ripiegamento. Alcuni di questi modelli fenomenologici sono basati sulla nozione di ``interazione nativa'' e sfruttano l'informazione geometrica presente nella struttura ripiegata (nativa) delle proteine. Presenteremo una panoramica di tali modelli detti anche modelli topologici e di alcune loro applicazioni. In particolare verra' mostrato come questi modelli sono in grado di descrivere la dinamica vibrazionale delle proteine attorno al loro stato nativo e di caratterizzarne la stablilita' in termini di indicatori geometrico-topologici quale la dimensione spettrale.